El 5 de mayo de 2025 CIUDADANO-CIU-2025-22837 (MSP-MSP-2025-3023-E) OBSALUD enfatizó en recomendaciones sobre las limitaciones en la información pública sobre casos de fiebre amarilla y tosferina. 

El 13 de mayo de 2025 mediante carta CIUDADANO-CIU-2025-24568 (MSP-MSP-2025-3217-E), como observatorio hemos generado recomendaciones en la producción de datos sobre enfermedades infecciosas en el país. Esto debido a que, la reciente crisis sanitaria en el país —con casos de fiebre amarilla, el aumento de la tosferina y la lamentable pérdida de niños en Taisha por enfermedades infecciosas— ha puesto en evidencia que el manejo de datos de salud necesita mejoras urgentes.

Para lo cual se planteó recomendaciones clave para que la información sobre brotes y epidemias sea más rápida, clara y útil para proteger a la población:

1. Pruebas más cerca de la gente
   No es lógico que todas las muestras tengan que viajar hasta Quito o Guayaquil para ser analizadas.
   Se propone descentralizar pruebas como ELISA y PCR, dotando a más laboratorios en el país de equipos, insumos y personal capacitado.
   Esto permitiría respuestas más rápidas y efectivas frente a brotes.
   
2. Gacetas epidemiológicas oportunas y reutilizables
   Actualmente se publican con retrasos importantes, en formato PDF y con poca información.
   Se recomienda publicarlas en formatos abiertos (CSV, XLS) para que investigadores, municipios y profesionales de salud puedan analizarlas mejor.
   Además, deben incluir datos de casos sospechosos, confirmados y en riesgo, no sólo confirmados.
   
3. Transparencia en los sistemas digitales
   Si el Ministerio de Salud va a implementar el sistema DHIS2 para vigilancia epidemiológica, debe garantizar que los datos puedan descargarse públicamente.
   Esto permitirá que gobiernos locales, universidades y observatorios apoyen en el análisis y las decisiones en beneficio de la ciudadanía.
   
4. Enfoque en las poblaciones más vulnerables
   Los reportes deben incluir información sobre niños pequeños, adultos mayores, personas con discapacidad y familias en pobreza extrema.
   Esto es clave para entender dónde los brotes pueden ser más graves y actuar con prioridad en esos sectores.
   

El 22 de mayo de 2025 se informó al Ministerio de Salud Pública las falencias en la declaración oportuna de epidemia de tosferina con carta CIUDADANO-CIU-2025-26606 (MSP-MSP-2025-3515-E). El Ministerio de Salud Pública respondió el 3 de julio de 2025 con oficio MSP-VGS-2025-0240-O y un Anexo, en el que afirma: “Coincidimos en que el aumento inusual de casos de tosferina cumple con los criterios operacionales de epidemia, según lo establece el Manual del SIVE-Alerta […] Por tanto, se ha realizado las notificaciones de alerta epidemiológica en el sistema de salud”.